無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。無菌室應(yīng)根據(jù)既經(jīng)濟又科學(xué)的原則來設(shè)置。其基本要求有以下幾點：
（1）無菌室應(yīng)有內(nèi)、外兩間，內(nèi)間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。內(nèi)間面積2×2.5＝5m2，外間面積1×2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應(yīng)有天花板。
（2）內(nèi)間應(yīng)當(dāng)設(shè)拉門，以減少空氣的波動，門應(yīng)設(shè)在離工作臺更遠(yuǎn)的位置上；外間的門更好也用拉門，要設(shè)在距內(nèi)間更遠(yuǎn)的位置上。
（3）在分隔內(nèi)間與外間的墻壁或“隔扇”上，應(yīng)開一個小窗，作接種過程中必要的內(nèi)外傳遞物品的通道，以減少人員進(jìn)出內(nèi)間的次數(shù)，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內(nèi)外都掛對拉的窗扇。
（4）無菌室容積小而嚴(yán)密，使用一段時間后，室內(nèi)溫度很高，故應(yīng)設(shè)置通氣窗。通氣窗應(yīng)設(shè)在內(nèi)室進(jìn)門處的頂棚上（即離工作臺更遠(yuǎn)的位置），更好為雙層結(jié)構(gòu)，外層為百葉窗，內(nèi)層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內(nèi)室使用后、滅菌前開啟，以流通空氣。有條件可安裝恒溫恒濕機。